Olá Denise
No Lucro Presumido, a base de cálculo do IRPJ parte da receita bruta efetiva, ou seja, apenas valores que representam faturamento real da empresa, como vendas e serviços. A remessa para industrialização não é receita, pois não há transferência de propriedade nem ingresso financeiro, sendo apenas uma movimentação de mercadoria.
Por isso, ela não deve compor o faturamento desde o início do cálculo, nem participar da base de presunção de 8% ou 8,8%. O erro do seu sistema está justamente em incluir essas remessas no total inicial (valor X) e depois tentar ajustar proporcionalmente, isso é conceitualmente incorreto e pode inflar a base, gerando IR maior que o devido. O correto é começar diretamente com a receita líquida real (já sem remessas) e aplicar as regras de presunção sobre esse valor.
Espero ter ajudado.