Olá, boa tarde!
Por conta do prazo, você não consegue mais fazer o cancelamento da nota. Neste caso, pode optar por entrar em contato com a SEFAZ do estado, e solicitar o cancelamento por meio do pagamento de uma taxa.
Cancelando essa nota inicial, você consegue emitir uma nova nota de devolução normalmente.
Não sendo possível o cancelamento, uma opção é a empresa emitir uma nota fiscal de entrada dessa mercadoria, com CFOP 1.949 ou 2.949, trazendo no campo informações complementares que trata-se de uma nota fiscal emitida a título de estorno, citando os dados da NFE, como nº e data de emissão, além de mencionar que foi emitida incorretamente e fora do prazo de cancelamento.
Isso irá concertar o estoque. Porém, lembre-se de verificar se isso é permitido em seu estado.
Espero ter ajudado.