Olá, boa noite!
Sim, a obrigatoriedade dessas contribuições está ligada ao enquadramento sindical da entidade e ao fato de ela possuir funcionários registrados (folha de pagamento), independentemente do seu tipo de constituição ou regime tributário.
Embora as associações sem fins lucrativos possuam imunidades e isenções para impostos como IRPJ e CSLL (dependendo do cumprimento de requisitos legais), as contribuições devidas a terceiros (Sistema S) incidem diretamente sobre a folha de salários.
As entidades do Terceiro Setor, como as Associações, geralmente são enquadradas no código FPAS da Previdência Social, o que determina o repasse para instituições como SEBRAE, SESC, SENAC, SESI, SENAI (ou equivalentes).
Espero ter ajudado.