Bom dia!
É necessário entender a dinâmica interna. Por exemplo, os produtos que se referem a essa alíquota menor, tem benefícios fiscais no estado?
Ou seja, é necessário entender de fato se houve erro, ou se é apenas a importação da realidade dos fatos.
Se de fato estiver incorreto, você pode e deve ajustar o Sped, considerando a escrituração fiscal também. Vale lembrar, que pode acontecer de ter alguma particularidade no estado de Pernambuco, já que o ICMS é de âmbito estadual.
Caso queira ter um respaldo maior, seria válido tentar contato com o Fisco estadual também.
Espero ter ajudado.
