Boa tarde, Luciana,
O e-commerce em si não tem um regime tributário próprio ou uma forma especial de apuração. A tributação segue exatamente os mesmos regimes disponíveis para qualquer empresa comercial: Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real. O que muda é a operação, não a base legal de apuração.
Sobre o que te falaram de considerar "somente o que recebeu", provavelmente estão se referindo ao regime de caixa, que é uma forma de reconhecimento de receita. No regime de caixa, a receita é reconhecida no momento do recebimento efetivo, e não no momento da emissão da nota fiscal. Já no regime de competência, que é o mais comum, a receita entra quando a nota é emitida, independentemente de quando o dinheiro entra na conta.
No Simples Nacional, por exemplo, o contribuinte pode optar pelo regime de caixa para recolhimento do DAS, o que significa que a receita bruta é apurada com base nos valores efetivamente recebidos no mês, e não nas notas emitidas. Isso está previsto na Resolução CGSN 140/2018. Essa opção pode ser vantajosa para empresas que trabalham com parcelamentos, boletos com prazo ou qualquer situação em que exista defasagem entre emissão da nota e recebimento.
No Lucro Presumido e no Lucro Real, o regime de competência é a regra geral para apuração do IRPJ e da CSLL, embora o Lucro Presumido permita o uso do regime de caixa para PIS e COFINS em algumas situações.
Para o e-commerce especificamente, um ponto que gera bastante dúvida é o ICMS, já que as vendas frequentemente envolvem estados diferentes. Desde o Convênio ICMS 93/2015 e as regras do diferencial de alíquotas (DIFAL), as empresas precisam recolher a diferença de alíquota para o estado de destino nas vendas a consumidor final não contribuinte. Isso exige atenção ao cadastro de alíquotas por estado e emissão correta das notas.
Então, em resumo: não existe uma apuração especial para e-commerce, mas é bem possível que a empresa esteja usando o regime de caixa no Simples Nacional, que é legítimo e tem previsão legal. Vale confirmar com quem disse isso qual é exatamente o regime da empresa e como está sendo feita essa apuração, para verificar se está sendo aplicado corretamente.