Olá Georgia, tudo bem?
Mas sua cliente já fez o processo de desenquadramento na Junta Comercial? Ela precisará fazer isso primeiro, conforme explicamos nessa aula:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/110142-mentoria-pratica-contabil/3384234-mentoria-08-02-quinta-as-19h30-como-fazer-a-transformacao-de-mei-para-me-encerra
Quanto aos débitos, você pode, sim, solicitar o parcelamento das pendências em aberto.
Em relação às declarações, mesmo que a empresa não tenha movimentação, é necessário enviar as declarações obrigatórias do Lucro Presumido, como por exemplo, o e-Social e a DCTF-Web (que é a primeira do ano). Sugiro consultar o relatório de pendências no e-CAC para verificar todas as pendências da empresa.
Após regularizar tudo, aí sim você pode seguir com o pedido de baixa do CNPJ.
Espero ter ajudado!