Olá Gisele, boa noite.
Sim, é possível dar baixa em um MEI após solicitar o parcelamento dos débitos. Os débitos e obrigações em aberto não impedem a baixa do CNPJ do MEI. Após a baixa, ainda há algumas obrigações a serem cumpridas, como pagar os boletos (DAS) que estejam em aberto desde o mês de abertura até o mês de baixa do CNPJ do MEI, e enviar a Declaração Anual do Simples Nacional de Baixa (Situação Especial).
Quanto à emissão das guias para pagamento dos débitos parcelados, o procedimento continua pelo mesmo sistema, o PGMEI, que é o Programa Gerador do Documento de Arrecadação do Simples Nacional para o MEI. Você pode acessar o PGMEI para emitir as guias do parcelamento e acompanhar os débitos.
Lembre-se de que, mesmo após a baixa do MEI, é importante manter o cumprimento das obrigações tributárias pendentes para evitar que os débitos sejam transferidos para o CPF do titular.
Espero ter ajudado!