Olá Silmara, boa noite.
Não, os benefícios como vale alimentação e combustível oferecidos pela empresa ao MEI não precisam ser incluídos na nota fiscal como parte do faturamento. Esses são considerados benefícios extras e não compõem a remuneração direta pelo serviço prestado.
A Resolução CGSN nº 169, de 2022, trouxe mudanças na emissão da Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e) para o MEI, simplificando o processo e estabelecendo a obrigatoriedade da emissão da NFS-e para serviços não sujeitos à incidência do ICMS a partir de janeiro de 2023. A emissão da NFS-e é realizada com informações básicas: CNPJ/CPF do tomador, descrição e valor do serviço.
Portanto, a empresa pode fornecer esses benefícios sem que sejam registrados na nota fiscal emitida pelo MEI.
Espero ter ajudado!