Olá Joan, tudo bem?
O MEI não é obrigado emitir nota fiscal (a não ser quando presta serviço ou vende produtos para PJ ou caso o cliente PF exija a nota). Portanto, o que a cliente recebeu em conta é considerado faturamento do MEI.
Sua cliente só precisa ter cuidado com os outros valores creditados na conta dela que não foram de renda do MEI. Oriente que o esposo receba na conta dele os valores da renda dele para que não se “confunda” em caso de fiscalização com o faturamento do MEI.
Apesar do imposto em aberto, você conseguirá enviar a declaração anual sim.
Espero ter ajudado!