Olá Laíne, tudo bem?
É devido ao parcelamento sim. Mas só o fato da certidão ter sido emitida, ja é entendido que a empresa não possui pendências. Uma vez que os débitos em aberto já estão em parcelamento e sendo pagos.
Geralmente essa observação não gera impedimento de linhas de crédito não. Iria gerar se você não conseguisse emitir a certidão.
Espero ter ajudado!