Olá Liria, tudo bem?
O CFOP 5405 é mais apropriado para situações em que há venda de produtos sujeitos à substituição tributária, como no caso de bebidas que são frequentemente sujeitas a esse regime.
Para a venda de refeições na lanchonete, os CFOPs mais indicados seriam o 5101 - "Venda de produção do estabelecimento", caso a lanchonete produza suas próprias refeições, ou o 5102 - "Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros", caso as refeições sejam compradas de fornecedores externos.
O importante é que as notas fiscais sejam emitidas de acordo com a natureza das operações e produtos comercializados.
Se fosse por exemplo, uma empresa ME do Simples Nacional, isso estaria impactando diretamento na tributação do imposto mensal
Por se tratar neste momento de um MEI, não influencia. Porém, recomendo que oriente seu cliente (vai ser preciso parametrizar o sistema dele e avaliar cada produto) a fazer o correto daqui para frente.
Espero ter ajudado!