Olá José Sérgio, tudo bem?
Quando o motorista de aplicativo atua como MEI, os rendimentos devem ser apurados conforme a forma de exercício da atividade.
Os valores recebidos via CNPJ (MEI) são declarados no DAS-MEI e na DASN-SIMEI, e na declaração de IRPF o contribuinte informa apenas a parcela isenta e, se houver, a parcela tributável dos lucros.
Os rendimentos de pessoa física e de pessoa jurídica devem ser tratados de forma distinta, conforme a legislação. Neste caso, seu cliente precisará definir se ficará na PF ou PJ (MEI).
Espero ter ajudado.