Boa noite Elimaura, sou aluna também, mas pode sim.
Ter débitos não impede o MEI de realizar a baixa, inclusive podemos solicitar o parcelamento de débitos até de MEI que já foram cancelados.
Ela só precisa continuar pagando as guias do parcelamento, como você mencionou, para que não fique pendências e sejam transferidas para o CPF.
