Olá Priscila, tudo bem?
Os valores pagos como MEI não são automaticamente abatidos. O sistema não faz esse desconto sozinho.
O que acontece na prática é:
você recalcula os tributos como ME desde agosto;
os DAS pagos como MEI ficam como créditos apenas na contabilidade interna, mas não compensam automaticamente os valores do Simples Nacional;
se houver possibilidade de compensação, isso deve ser feito manualmente via PER/DCOMP.
Espero ter ajudado.