Bom dia, Adriele,
Vou tentar esclarecer os dois pontos, porque na verdade eles envolvem lógicas diferentes e é justamente essa mistura que costuma gerar confusão.
Primeiro, sobre a DASN-SIMEI. A declaração anual do MEI segue o regime de competência, e o que determina a competência não é a data de emissão da nota fiscal, e sim o momento em que ocorreu o fato gerador, ou seja, quando o serviço foi efetivamente prestado. Então, se uma nota foi emitida com atraso e faz referência a uma prestação de serviço realizada no ano anterior, essa receita pertence, para fins de apuração do faturamento anual, ao ano em que o serviço foi de fato executado, e não ao ano em que a nota saiu do sistema. Na prática, isso significa que você deve excluir esse valor da soma do faturamento do ano que está declarando agora. O problema é que, se essa receita não foi incluída na DASN-SIMEI do ano anterior porque a nota ainda não tinha sido emitida naquela época, o cliente ficou com uma omissão de receita naquele período. Nesse caso, o caminho correto é retificar a DASN-SIMEI do ano anterior para incluir esse valor, já que ela pode ser reapresentada sempre que houver necessidade de correção, sem prejuízo de eventuais acréscimos legais sobre o DAS que porventura tenha sido recolhido a menor naquele ano.
Agora, sobre o IRPF, é importante separar completamente a lógica da pessoa jurídica (o MEI) da lógica da pessoa física (o titular). A DASN-SIMEI reflete o faturamento da empresa, apurado por competência, mas isso não é o que vai para a declaração de ajuste anual do titular. O que entra na declaração da pessoa física é o que ele efetivamente recebeu da empresa durante o ano, seja como pró-labore, seja como distribuição de lucros, e isso realmente é apurado pelo regime de caixa, considerando o que foi de fato retirado ou transferido para a pessoa física, independentemente de a nota ter sido emitida em qual competência e independentemente de o DAS ter sido pago ou não. O não pagamento do DAS é uma pendência da empresa junto ao Simples Nacional, mas não interfere diretamente na apuração do que o titular declara como rendimento recebido.
Um ponto importante aqui é entender como se separa, dentro do que foi retirado pela pessoa física, o que é lucro isento e o que seria pró-labore tributável. Para isso, aplica-se sobre a receita bruta mensal da empresa o percentual de presunção correspondente à atividade, os mesmos percentuais usados no lucro presumido, por exemplo, oito por cento para atividades de comércio e indústria ou trinta e dois por cento para prestação de serviços em geral, e o valor que resultar dessa presunção pode ser distribuído como lucro isento na declaração do titular, desde que a contabilidade ou os controles demonstrem que o lucro efetivo do período foi igual ou superior a esse valor presumido. Tudo que for retirado além desse limite presumido, se caracterizado como remuneração pelo trabalho, deveria ter sido tratado como pró-labore, sujeito a tributação, inclusive com recolhimento de INSS, o que na prática do MEI muitas vezes não é feito com todo esse rigor formal, mas é o que a legislação prevê.
Então, respondendo diretamente à sua pergunta: não é correto misturar competência para a receita e caixa apenas para os pagamentos de DAS dentro da mesma lógica de apuração. O que acontece é que a empresa apura o faturamento por competência para fins de Simples Nacional e DASN-SIMEI, e a pessoa física, de forma completamente independente, apura seus rendimentos por regime de caixa, com base no que efetivamente recebeu da empresa ao longo do ano, dentro dos limites de isenção que expliquei. Não existe, para o MEI, uma apuração de despesas na declaração do titular como se fosse livro caixa de autônomo, já que as despesas pertencem à contabilidade da empresa, não à pessoa física.
Se o cliente não tiver certeza de quanto foi efetivamente distribuído ou retirado durante o ano, vale a pena reconstituir esse fluxo com base em extratos bancários e lançamentos, para não declarar valores incorretos no IRPF, especialmente porque distribuição de lucro acima do limite presumido pode gerar questionamento da Receita Federal se não houver comprovação contábil do lucro efetivo correspondente.