Olá Emily, boa noite.
Para um MEI que atua como motorista de aplicativo, o correto é informar o faturamento no campo de prestação de serviços na declaração anual do MEI. O transporte intermunicipal mencionado na parte de comércio refere-se a atividades de transporte de mercadorias, não de passageiros. Como o serviço prestado pelo motorista de aplicativo é de transporte de passageiros, ele se enquadra na categoria de prestação de serviços. Portanto, o faturamento deve ser informado no campo correspondente a prestação de serviços na declaração anual do MEI.
Espero ter ajudado!