Olá Guilherme
Nesse caso, você pode entrar com um Processo solicitando a alteração do motivo do Desenquadramento.
Manual Desenquadramento MEI
Em caso de erro na comunicação ou se o MEI incorreu em outra hipótese de desenquadramento (com data efeito de desenquadramento anterior), deve formalizar processo administrativo junto à RFB, solicitando a correção do motivo e da data do fato motivador do desenquadramento.
ATENÇÃO
No momento da formalização do processo administrativo, o MEI deve apresentar todos os documentos que comprovem o motivo do desenquadramento descrito na sua alegação (notas fiscais, relatório mensal de receitas, contrato de prestação de serviços, cópia do livro de registro de empregados, cópia da carteira de trabalho dos empregados, etc.).
Espero ter ajudado.