Olá Cássia
Se o CNPJ está Ativo, a empresa pode emitir Notas Fiscais, mas a apuração dos impostos vai depender do Regime tributário escolhido.
Pelo que entendi, a empresa foi excluída do MEI e do Simples Nacional, nesse caso, precisa optar pelo regime de Tributação Lucro Presumido ou Lucro Real.
Regularize as pendências da empresa e com tudo em dias, pode solicitar o enquadramento no Simples Nacional em Janeiro/2025.
Espero ter ajudado.