Olá Pablo
Primeiro verifique qual o período que essa empresa foi desenquadrada do MEI. Se a empresa não solicitou agora em Janeiro/2025 a volta para o MEI, precisa atualizar o enquadramento como ME, através de alteração contratual (Viabilidade - DBE - Requerimento Eletronico).
Em relação as apurações, se a empresa estava faturando no período que não era MEI, precisa enviar as apurações e recolher os devidos impostos.
Espero ter ajudado.