Olá Kenia
O regime tributário será definido pelo próprio contribuinte quando recolher a guia do IRPJ, que pode ser o Lucro Presumido ou Lucro Real.
Em relação as dívidas é possível sim parcelar, mas só poderá solicitar o enquadramento novamente em Janeiro/2025. Caso não queira permanecer com essa empresa no novo regime de Tributação, pode solicitar a baixa do CNPJ.
Espero ter ajudado.