Olá Aladim, boa tarde.
Qual a pendência real desse alvará? A empresa foi autuada? Teve fiscalização? porque sem o processo da junta, o CNPJ está com a inscrição municipal desatualizada e teoricamente, precisa atualizar para que seja emitido o alvará de funcionamento correto.
Se a empresa não está faturando, uma alternativa pode ser esperar até o ano que vem.
Espero ter ajudado.