Olá Julio
Se o motivo que o impediu de se enquadrar é válido, não tem o que recorrer. Só teria recurso se fosse algum erro da Receita.
Você pode continuar com essa empresa dentro do regime tributário Lucro Presumido ou Real, ou dar baixa e abrir uma Nova.
Como ele é o único sócio com 100% das cotas da empresa, ele não pode abrir uma empresa do Simples Nacional, pois, sócios com mais de 10% em empresas do Lucro Presumido ou Real não pode ter empresas no Simples.
Espero ter ajudado.