@Karoline Caetano Olá, tudo ótimo!
O que ocorreu é que o sistema não aceitou a viabilidade para Empresário Individual porque o CNPJ já está registrado assim (o MEI é uma espécie de Empresário Individual com regras simplificadas). O EI do MEI significa que ele já pertence à natureza jurídica de Empresário Individual. No caso, a mudança seria apenas de MEI para ME, mas a natureza jurídica não precisaria mudar.
Não é preciso alterar a natureza jurídica, apenas o porte, de MEI para Microempresa (ME).
Ao escolher Sociedade Empresária Limitada, você mudou a natureza jurídica para outra estrutura, que geralmente é benéfica para o cliente, porque separa o patrimônio da empresa do patrimônio pessoal dos sócios.Então, se a alteração foi aceita pelo sistema, não é um problema. Mas é importante entender que LTDA e Empresário Individual são naturezas jurídicas distintas e trazem impactos diferentes para a empresa.
Espero ter ajudado!