Olá Rubia, tudo bem?
Primeiro, verifique se o MEI teve funcionário em algum momento a partir de dezembro de 2022. Entendo que a DCTFWeb só seria obrigatória se havia vínculo empregatício. Se ele não teve empregado, a exigência da DCTFWeb pode estar sendo gerada por erro de informação ou por alguma inconsistência na RFB.
Sobre o faturamento, o correto seria ele ter informado o valor real nas declarações anuais do MEI (DASN-SIMEI). O desenquadramento retroativo só se aplica se ele ultrapassou o limite de faturamento do MEI (R$ 81 mil por ano).
Portanto, antes de qualquer ação, oriente seu cliente a:
Verificar se houve vínculo de empregado em 2022 ou posterior.
Conferir o faturamento real e, se for o caso, retificar a DASN-SIMEI.
Caso tenha ultrapassado o limite legal, aí sim será necessário solicitar o desenquadramento retroativo e assumir os efeitos tributários como empresa do Simples Nacional (informe ele sobre os custos, etc.)
Espero ter ajudado!