Olá Fernanda, tudo bem?
Sobre o caso do seu cliente que será desenquadrado do MEI e a questão do Fator R, vamos analisar os dois caminhos possíveis:
Se ele fizer apenas o desenquadramento, mantendo o mesmo CNPJ, o cálculo do Fator R no Simples Nacional vai considerar a receita bruta dos últimos 12 meses e a folha de pagamento desse período. Como o MEI normalmente não tem pró-labore ou folha significativa, o Fator R inicialmente ficará abaixo de 28%, o que pode fazer com que ele seja tributado pelo Anexo V (com alíquotas maiores).
Caso ele dê baixa no MEI e abra uma nova empresa, o histórico de receita dos 12 meses anteriores será zerado. Assim, ao começar a nova empresa já pagando pró-labore, o Fator R poderá ser superior a 28% após os primeiros meses de abertura, possibilitando o enquadramento no Anexo III, com uma tributação mais vantajosa.
A decisão depende também do que for mais conveniente para o cliente em relação à manutenção do CNPJ atual e seus vínculos (contratos, contas bancárias, etc.). Se não houver problemas com isso, abrir nova empresa é a melhor forma de aproveitar o Fator R desde o começo.
Se ele preferir manter o mesmo CNPJ, é importante começar a pagar o pró-labore o quanto antes e entender que o enquadramento no Anexo III, só ocorrerá após um período de tempo, quando o Fator R atingir 28%.
Temos uma aula sobre fator R no nosso curso de simples nacional que oriento que assita, uma vez que poderá te auxiliar bastante:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/236228-rotina-pratica-para-empresas-do-simples-nacional/4684018-fator-r
Espero ter ajudado!