Olá Lucas, tudo bem?
O MEI possui limites de faturamento e compras definidos pela legislação. Caso esses limites sejam ultrapassados, o desenquadramento deve ser retroativo.
Apenas alegar mudança no quadro de funcionários ou outro motivo não impede uma fiscalização futura. A Receita Federal e a Sefaz podem, a qualquer momento, revisar o histórico do MEI e exigir o recolhimento retroativo caso identifiquem que houve excesso de compras ou faturamento.
No caso que você mencionou, com R$ 92.000,00 em compras e mesmo que sem emissão de notas de venda, é muito provável que o limite de faturamento do MEI tenha sido excedido, aumentando o risco de autuação.
A forma mais segura e correta é realizar o desenquadramento retroativo, recolhendo os impostos devidos, mesmo que parte do estoque ainda esteja disponível.
Porntanto, é importante alertar que, se o cliente optar por não recolher retroativo, ele corre risco de autuação.
Espero ter ajudado!