Olá Fernanda, tudo bem?
Sim, é recomendável fazer a comunicação formal do desenquadramento antes de realizar a baixa. Isso garante que a Receita Federal e a junta comercial registre oficialmente a saída do Simples Nacional e evita pendências ou inconsistências futuras no CNPJ. É importante, antes de solicitar a baixa, verificar se a empresa não possui nenhuma pendência a ser regularizada, como débitos ou obrigações em aberto.
Espero ter ajudado.