Olá Marta, bom dia.
Quando o MEI ultrapassa o limite de faturamento acima de 20%, deve desenquadrar de forma retroativa daquele ano, então a empresa terá que tributar todo o ano de 2024 como Simples Nacional. Ou desenquadrar retroativamente no mês que ultrapassou o limite e seguir como Simples Nacional.
Ter débitos não impacta no desenquadramento. Poderá ser regularizado depois.
Espero ter ajudado.