Olá Alessandra
O processo de alteração Contratual pode ser iniciado independentemente do desenquadramento já ter sido processado pela Receita Federal, mas é recomendado que tenha os prazos alinhados para que o desenquadramento e a transformação fiquem o mais próximos possível.
Segue link da aula sobre Desenquadramento;
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121630-lives-legalizacao-de-empresas/2921903-como-legalizar-uma-empresa-desenquadrada-do-simei
Espero ter ajudado.