Olá Renata, tudo bem?
Quando o MEI precisa se desenquadrar por atividade não permitida, ele pode fazer isso a qualquer momento no Portal do Simples Nacional. O efeito do desenquadramento começa no primeiro dia do mês seguinte à solicitação. Então, se o pedido for feito agora em julho, o CNPJ será enquadrado como ME no Simples Nacional a partir de 1º de agosto de 2025 (verifica se a atividade é permitida no simples nacional também). Mesmo com guias de 2024 em atraso, acredito que ele ainda pode solicitar o desenquadramento. No entanto, não te recomendaria, é importante regularizar essas pendências o quanto antes para evitar problemas com o CNPJ, solicitando um parcelamento, por exemplo. Após o desenquadramento, o CNPJ continua no Simples Nacional como ME, desde que não haja impedimentos como CNAE vedado ou dívidas impeditivas.
Espero ter ajudado!