Bom dia Aliane, tudo bem?
Quando uma empresa é desenquadrada do MEI por excesso de compras. A partir da data de desenquadramento é preciso fazer a apuração do faturamento via PGDAS e entregar as demais obrigações do Simples Nacional.
O MEI também tem limite de compras, que é de 80% sobre o faturamento.
A partir da data em que foi desenquadrado, não é mais MEI e precisa cumprir com as obrigações mensais do regime que estiver inserido. Inclusive a emissão de notas fiscais.
A Sefaz pode desenquadrar os MEIs, não apenas a receita federal.
Você também precisará fazer o processo na Junta Comercial para gerar o contrato social da empresa.
Espero ter ajudado.