Olá William, tudo bem?
Nós aqui do Contabilidade Facilitada orientamos que não sejam descontadas nenhuma das notas de entrada/despesas do MEI na presunção de resultado quando a mesma não tem escrituração contábil pois não existe uma legislação que nos proteja quanto a estes descontos.
Embora alguns profissionais adotem essa prática, não há garantia legal de que ela seja aceita pela Receita Federal. O risco é que, em uma possível fiscalização, o Fisco questione a dedução e possa gerar ajustes ou penalidades no Imposto de Renda da pessoa física.
Espero ter ajudado!