Olá Débora, tudo bem?
Sim, é necessário aguardar a notificação do cartório de protesto. Somente após receber essa comunicação oficial é que o MEI poderá regularizar a dívida, seja pagando à vista ou parcelando, conforme as condições disponíveis. Enquanto isso, ele pode acompanhar a situação e verificar opções de pagamento ou parcelamento pelo portal Regularize da PGFN.
Espero ter ajudado.