Olá Queila, tudo bem?
Essa é uma situação um pouco complexa…
Mas entendo que o ideal é manter a escrituração baseada exclusivamente nos documentos fiscais e operacionais do MEI, e a conta bancária do CNPJ. Na contabilidade formal, o mais recomendado é considerar apenas os dados da conta PJ, justamente para manter a separação entre pessoa física e jurídica (princípio da entidade).
Caso você opte considerar movimentações da conta PF, é importante ter muito bem justificado que são receitas e despesas do MEI, com base em notas fiscais e comprovantes. Ainda assim, oriente o cliente a voltar a usar exclusivamente a conta PJ, especialmente por se tratar de uma contabilidade voltada à isenção do IRPF.
Espero ter ajudado!