Olá Patricia
Se for realmente necessário emitir essa nota de R$ 6.000,00 em junho (totalizando R$ 42.000,00), você corre o risco de a Receita aplicar o desenquadramento retroativo a 01/01/2024, conforme artigo 105-B da Resolução CGSN nº 140/2018.
Nesse caso você pode:
1. Antecipar a formalização da transformação em LTDA e emitir essa nota já como PJ não MEI.
2. Postergar a emissão dessa nota para julho, quando já será LTDA.
3. Emitir nota de valor inferior para manter o limite de R$ 40.500,00 até junho
4. Emitir a Nota Fiscal ultrapassando o limite e correr o risco de ser Desenquadradado retroativo.
Espero ter ajudado.