Olá Sintia, tudo bem?
Enquanto o MEI estiver afastado pelo INSS, ele não pode emitir notas fiscais, pois está temporariamente impedido de exercer a atividade.
Ele pode receber pagamentos de serviços prestados antes do afastamento normalmente, mesmo durante o período em que está afastado pelo INSS. O afastamento impede apenas a prestação de novos serviços e a emissão de notas fiscais nesse período, mas não bloqueia o recebimento de valores já faturados ou com prazo de pagamento acordado anteriormente.
Ou seja, ele pode receber normalmente os valores que estavam pendentes, desde que sejam referentes a serviços prestados antes do afastamento. O que não é permitido é emitir notas de receita ou prestação de serviços durante o afastamento.
Espero ter ajudado.