Olá Kenia, tudo bem?
1- Como MEI, ele deve considerar apenas as rendas provenientes do MEI para a declaração. Para os outros rendimentos de outras atividades, eles devem ser tratados conforme a natureza de cada atividade.
2- Quando há separação de contas, você deve considerar o faturamento do MEI (o que entrou na conta PJ) para a declaração de IRPF, com base na DASN-SIMEI. E após feita a DANS-Simei, você usará o valor declarado nela, para calcular a parcela isenta e tributável para a declaração do IRPF do seu cliente.
Pontos de atenção: mas caso o seu cliente ainda que tenha conta PJ, teve recebimentos na sua conta PF, esses também devem ser somados, confirme com ele se a renda do MEI foi recebida apenas na PJ mesmo.
Espero ter ajudado!