Olá Beatriz, bom dia. Se ultrapassou o limite de 20%, deve ser desenquadrado retroativamente sim. O prazo para notificação é de até 5 anos e o correto é retroagir assim que se tem ciência da situação.
Quando o MEI desenquadra, se torna ME e é preciso CRC para informar as alterações na junta comercial em alguns estados, de qualquer forma precisaria do CRC para os documentos contábeis.
Espero ter ajudado.