Olá João Vitor, tudo bem?
O que pode ser feito, é a restituição do valor pago em duplicidade.
Conforme orientação no site do Gov.br (https://www.gov.br/empresas-e-negocios/pt-br/empreendedor/perguntas-frequentes):
É possível solicitar a restituição do DAS pago indevidamente, até 5 anos após a data do seu recolhimento.
No entanto, como o DAS pode conter até três tributos distintos:
Contribuição Previdenciária - INSS (competência federal)
ICMS (competência estadual) e
ISS (competência municipal)
A restituição de cada valor deve ser solicitada ao respectivo órgão público federado, conforme citamos acima e observada a respectiva competência tributária.
Veja um exemplo:
Se a empresa tem ocupações de comércio e serviços e recolhe um DAS indevidamente, será preciso:
1) Solicitar a restituição da Contribuição Previdenciária (INSS) à Receita Federal do Brasil, por meio do Portal do Empreendedor, clicando em “Restituição”
2) Pedir a devolução do valor de ICMS na Secretaria de Fazenda Estadual*; e
3) Solicitar a restituição do ISS na Prefeitura* do seu município.
Atenção: Como os procedimentos e documentos a serem apresentados podem variar, procure mais informações diretamente nos respectivos órgãos.
Espero ter ajudado!