Olá William, tudo bem?
Sim, essa situação realmente pode parecer injusta à primeira vista, pois não considera as despesas e os custos do MEI. No entanto, é exatamente como a Receita Federal orienta: sem a contabilidade regular que comprove os lucros efetivos, os percentuais de presunção (no caso, 8% para comércio) são aplicados como base para cálculo do rendimento isento, e o restante é considerado como rendimento tributável.
Para que os lucros efetivamente apurados sejam considerados isentos, é fundamental que o MEI mantenha a contabilidade mensal, com registro de todas as receitas, despesas e custos. Dessa forma, ele pode comprovar seu lucro real e evitar que valores não correspondentes ao lucro sejam tributados.
Aqui no Contabilidade Facilitada, orientamos que, na ausência de escrituração contábil, não sejam descontadas as despesas ou notas de entrada diretamente na presunção de resultado, pois não há respaldo legal que proteja essa prática. A melhor forma de proteger o empreendedor é incentivar a adoção de uma contabilidade bem estruturada.
Espero ter ajudado!