Olá Jessica, tudo bem?
Sim, está correto o seu pensamento. O MEI só pode deduzir despesas quando tem uma contabilidade regular e completa. Caso contrário, o cálculo da tributação é feito com base na presunção de receita tributável. A antiga contadora provavelmente não seguia essa prática.
Nós aqui do Contabilidade Facilitada orientamos que não sejam descontadas nenhuma das notas de entrada do MEI, aluguel ou outras despesas na presunção de resultado quando a mesma não tem escrituração contábil pois não existe uma legislação que nos proteja quanto a estes descontos.
Espero ter ajudado!