Olá Kenia, tudo bem?
Nós aqui do Contabilidade Facilitada orientamos que não sejam descontadas nenhuma das notas de entrada ou despesas do MEI na presunção de resultado quando a mesma não tem escrituração contábil pois não existe uma legislação que nos proteja quanto a estes descontos.
Portanto no nosso entendimento, a forma de cálculo seria para o MEI que não tem escrituração contábil, seria apenas aplicando a aliquota de presunção mesmo.
Sobre a segunda dúvida, se você se refere a pessoa ter uma fonte de renda diferente da do MEI, é importante fazer uma separação minusiosa dessa segunda fonte de renda para que a receita não interprete como renda do MEI.
E caso questionem em algum momento, mantenha sempre documentos comprobatórios de cada renda do seu cliente para comprovação, caso necessário.
Espero ter ajudado!