Olá Thais, tudo bem?
Apenas para complementar a resposta da nossa colega Marcela, anteriormente, geralmente para para voltar a ser MEI, precisaria antes ser optante do Simples Nacional também (e essa opção pelo simples nacional só pode ser feita em janeiro de cada ano). Estando como Simples Nacional, você fará a solicitação para se enquadrar como MEI novamente.
Conforme orientação da RFB:
O site do Gov.br também disponibiliza o manual com o passo a passo para ensinar realizar o pedido:
https://www.gov.br/empresas-e-negocios/pt-br/empreendedor/servicos-para-mei/enquadramento/como-voltar-a-ser-mei-apos-exclusao-do-simples-nacional.pdf
Lembrando, que ele poderá voltar a ser MEI somente se a empresa atende novamente às condições para ser um Microempreendedor Individual.
Quanto a transação financeira efetuada na conta da sua cliente, você pode tentar como a Marcela falou anteriormente, solicitar via processo digital no e-cac o pedido, explicando a situação pelo chat que irão te instruir quanto aos documentos necessários. Mas ainda assim, a RFB poderá fazer uma análise da situação e não aprovar.
Portanto, eu entendo que seja mais provável ela conseguir voltar a ser MEI apenas em janeiro do ano que vem.
Os MEIs precisam estar bem atentos a transações financeiras, pois geralmente todos recebimentos na conta do MEI, a Receita pode entender que se trata de faturamento.
Espero ter ajudado!