Olá Milena
Mesmo com o parcelamento do MEI em atraso, ela não perde automaticamente o direito aos benefícios. Para ter direito ao salário-maternidade, o MEI precisa ter no mínimo 10 contribuições mensais pagas ao INSS. Parcelamento não conta como contribuição, somente as parcelas efetivamente quitadas. Se ela pagar os DAS em atraso antes do parto e, com isso, completar as 10 contribuições, ela terá direito ao benefício. Caso não alcance essa carência mínima até a data do parto, o INSS pode negar o salário-maternidade.
Espero ter ajudado.