Os valores de um edital ou de um projeto que esteja em uma lei de incentivo, referem-se a uma planilha que foi aprovada por um órgão público. Nessa planilha você terá várias despesas, inclusive o valor do serviço do proponente (empresa), é essa parte que vai de verdade para o bolso de seu cliente.
Esse dinheiro, que será depositado na conta do seu clinte, não é dela, é do projeto. Porém você não vai emitir uma nota fiscal no valor total do projeto e tão pouco emitir nota fiscal para o patrocinador.