Boa tarde, Fernanda,
Essa é realmente uma situação bem delicada, porque o sistema da Receita Federal não tem um fluxo automático para essa correção, já que a baixa por falecimento é feita a partir da comunicação do óbito pelo próprio cartório, através do convênio que existe entre os cartórios e a Receita. Quando esse óbito é depois anulado ou retificado, a informação não retorna automaticamente para reativar o CNPJ, e é exatamente por isso que a tentativa de reativação pelo Coleta Nacional (aquele sistema que você chamou de rede sim, hoje integrado à Redesim) não funciona, pois ele só trata de situações cadastrais comuns, não de erros originados por óbito indevido.
O caminho correto nesse caso é abrir um processo administrativo diretamente no e-CAC da Receita Federal, dentro da opção de Solicitações e Serviços, procurando pelo formulário de Requerimento Geral ou de Dossiê Digital de Atendimento. Nesse requerimento, a cliente deve relatar detalhadamente o ocorrido e pedir expressamente a reativação da inscrição no CNPJ, anexando a certidão de óbito que foi cancelada ou retificada pelo cartório, a decisão judicial que determinou a correção do CPF e a comprovação de que o CPF já está regularizado. É importante que o requerimento seja claro ao afirmar que se trata de erro cartorial devidamente reconhecido pelo Judiciário, e não de uma baixa voluntária ou por outro motivo.
Como o atendimento pelo chat da Receita não trouxe nenhuma resposta objetiva, o ideal agora é buscar atendimento presencial em uma unidade da Receita Federal, de preferência agendando pelo próprio site (Agendamento SAT), já que esse tipo de caso atípico costuma exigir análise humana de um auditor fiscal, que tem competência para determinar a reativação manual da inscrição no sistema interno da Receita, mesmo que o CNPJ já conste como baixado.
Vale também orientar a cliente a guardar todos os protocolos de atendimento, tanto do chat quanto de qualquer requerimento aberto no e-CAC, com data e horário, porque isso ajuda a demonstrar, se for necessário, que a via administrativa foi tentada. Isso é relevante porque, se a Receita Federal não responder em um prazo razoável ou continuar sem se posicionar, existe a possibilidade de a cliente buscar novamente a via judicial, agora pedindo que o próprio Judiciário determine à Receita Federal a reativação do CNPJ, com base no mesmo processo em que já foi reconhecido o erro relativo ao óbito. Muitos escritórios de advocacia tributária já lidaram com casos semelhantes, então pode ser interessante que a cliente converse com o advogado que já a representou no processo de retificação do CPF, para que ele avalie a possibilidade de pedir essa extensão da decisão para abranger também o CNPJ.
Enquanto isso, é importante deixar claro para a cliente que as contas bancárias PJ só serão liberadas depois que o CNPJ estiver efetivamente reativado na base da Receita Federal, já que os bancos fazem essa verificação diretamente no cadastro do CNPJ, e não existe forma de contornar isso enquanto a situação cadastral não estiver corrigida.