Olá Adrielly
Sim, você pode fazer um contrato de arrendamento entre a pessoa física e a empresa. Isso permitirá abater as despesas de combustível e manutenção, desde que devidamente comprovadas e relacionadas à atividade da empresa.
Sim, é recomendável alterar o CCMEI para que fique em conformidade com a escrituração contábil. O capital social deve refletir a realidade da empresa.
Para o MEI caminhoneiro, o registro na ANTT deve ser como ETC (Empresa de Transporte de Cargas). O registro como TAC (Transportador Autônomo de Cargas) é para pessoa física, então ele deve fazer um novo registro como ETC.
Espero ter ajudado.