Olá Gabriel, tudo bem?
Para o seu cliente MEI que realiza transporte intermunicipal/interestadual, sugiro optar pela primeira opção de preenchimento, utilizando a tabela referente ao transporte de cargas e a presunção de 16%.
Quanto aos transportes municipais, a segunda opção seria mais apropriada, com a presunção de 32%.
Espero ter ajudado!
