Olá Eliane, tudo bem?
O protesto em cartório é uma medida legal para cobrança da dívida e, caso não haja pagamento, o nome do devedor pode ser incluído em cadastros de inadimplência. Recomendo que seu cliente procure o cartório, pois normalmente o pagamento é feito diretamente lá. Porém, o MEI pode também parcelar a dívida pelo portal da PGFN, desde que o débito esteja ativo e não tenha sido ajuizado. Quando a dívida é parcelada ou quitada pela PGFN, o cartório é informado, e o protesto pode ser cancelado mediante apresentação do comprovante e solicitação de baixa.
Espero ter ajudado!