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Bom dia!
Quando o MEI é desenquadrado por excesso de faturamento superior a 20%, o desenquadramento é retroativo ao mês de janeiro do ano em que ocorreu o excesso.
Ou seja: mesmo que o comércio tenha ultrapassado o limite apenas em 08/2024, ele passa a ser Simples Nacional (não MEI) desde 01/2024.
O que você precisa regularizar:
Transmitir todos os PGDAS-D desde 01/2024 até a data atual (10/2025), conforme o faturamento mensal.
Transmitir a DEFIS relativa ao ano de 2024 (e 2025 quando chegar o período).
Gerar e recolher os DAS complementares de cada mês, pois o valor do MEI pago não cobre os tributos devidos após o desenquadramento.
Sobre as notas fiscais:
Você deve informar no PGDAS-D todo o faturamento mensal, conforme as notas emitidas.